分子动力学工作流示例
运行小型 GROMACS 水盒示例，核对输入、轨迹与温度输出。
打开 CEMP 工作流
在 AutoCompute 选择经典分子动力学，下载当前的体系工作簿。下方示例用 GROMACS 2018.8 自带的 SPC 水模型复现模拟阶段，可独立于 CEMP 工作簿的参数化流程运行。
运行下载示例
将压缩包解压到新目录，在可使用 GROMACS 的环境中执行 sh run.sh。脚本建立边长 3 nm 的立方盒，包含 884 个 SPC 水分子。先做能量最小化，再在 298.15 K 下做 10 ps NVT，最后从检查点接续 20 ps NVT 生产。时间步长为 2 fs，每 1 ps 写一帧轨迹。
检查输出
将 reference/production.gro 与 reference/production.xtc 一起打开。gmx check 实测 0–20 ps 共 21 帧，包含初始帧。reference/temperature.xvg 提供温度序列，生产能量文件统计的平均温度为 298.882 K。这是定容接续和文件检查示例，不能用于证明体系已平衡或材料性质已收敛。
示例输入或输出
sh run.sh
gmx check -f production.xtc
# 参考结果：2652 个原子，21 帧坐标，帧间隔 1 ps。